Partager, c’est prendre soin: le partage international des données améliore la surveillance génomique de Listeria monocytogenes

Au rédacteur en chef-Nous lisons avec intérêt les récents rapports de Jackson et al. Et Jensen et al. Sur l’utilisation du séquençage du génome entier pour la surveillance et l’investigation des épidémies de Listeria monocytogenes Nous avons également utilisé WGS en Australie à cette fin. ] et, sur la base de notre expérience, nous souhaitons souligner l’importance des collaborations internationales et de l’échange de données en temps réel pharmacologique. Un homme âgé présentait une confusion et de la fièvre pour investigation et a été hospitalisé par la suite. Les cultures sanguines étaient positives pour L monocytogenes. L’isolat a été soumis à des laboratoires nationaux et nationaux de référence de Listeria. L’isolat a été soumis à un typage moléculaire et à un numéro d’enregistrement EGS European Nucleotide Archive ERS conformément à un programme national de surveillance de Listeria , et des informations épidémiologiques ont été obtenues. en utilisant un questionnaire de cas standardisé Comme l’isolat n’était pas un lien épidémiologique ou génomique Les données WGS ont également été soumises au réseau GenomeTrakr de la Food and Drug Administration des États-Unis, un programme amélioré de surveillance en temps réel, pour comparaison avec des isolats internationaux Après analyse, l’isolat a été trouvé. Les fruits à noyau non consommés importés en Australie en provenance des États-Unis ont ensuite été rappelés, et aucun autre cas clinique lié au fruit n’a été détecté.

Figure Vue largeDisque de téléchargement Arbre généalogique basé sur les polymorphismes mononucléotidiques du génome principal Les SNP montrant la relation génomique de l’isolat australien Listeria monocytogenes avec le cluster américain associé aux fruits à noyau Moins ou égal aux SNP ont séparé les isolats de la grappe, indiquant un degré élevé de Relation génomique La phylogénie a été déduite à l’aide du Centre de la Food and Drug Administration des États-Unis pour la sécurité alimentaire et la nutrition appliquée SNP Pipeline http: // snp-pipelinereadthedocsio / fr / latest / Figure View largeTéléchargement diapositivePhylogénétique basé sur les polymorphismes mononucléotidiques du génome relation génomique de l’isolat australien Listeria monocytogenes avec le groupe américain associé aux fruits à noyaux Moins ou égal aux SNP ont séparé les isolats dans le groupe, indiquant un degré élevé de parenté génomique La phylogénie a été déduite en utilisant le Food and Drug Administration Sécurité et nutrition appliquée SNP Pi peline http: // snp-pipelinereadthedocsio / fr / latest / Une histoire de consommation de nectarine et de pêche après l’achat local a été notée lors de l’examen du cas, aucun voyage international récent n’a été signalé Bien que le fruit ne soit plus disponible pour être testé étaient hors saison en Australie et des quantités importantes étaient importées des États-Unis à l’époque, il est très plausible que le fruit consommé par le patient soit dérivé du lot américain contaminé similaire à notre étude , Jackson et al. Ce cas de listériose illustre également la facilité d’utilisation du WGS pour comparer des isolats internationaux. En outre, le cas souligne les avantages du partage international des données génomiques microbiennes issues des programmes de surveillance des agents pathogènes, comme d’autres l’ont montré. précédemment prôné Avec cet échange de données, l’utilisation de WGS était capable de relier un cas apparemment sporadique à une épidémie grappe – une étape critique pour limiter la propagation précoce des éclosions dans de nouvelles juridictionsNous notons que les données de séquençage de l’étude de Jensen et al n’ont pas été rendues publiques pour le moment Bien que nous reconnaissions qu’il pourrait y avoir une sensibilité liée à la Nous croyons que ces données faciliteraient également la comparaison interjurisdiction des épidémies à une époque où les hôtes et les agents pathogènes franchissent fréquemment les frontières internationales, les systèmes de surveillance doivent être adaptables à ces mouvements, en identifiant avec précision les isolats apparentés, tout en préservant la confidentialité des informations. fournit les moyens, seulement avec le partage des données en temps réel, peut-on espérer suivre le rythme de la propagation internationale des agents pathogènes

Remarque

Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués