Réaction en chaîne de la polymérase G de l’ARNr à large spectre pour le diagnostic des infections bactériennes à culture négative

Arrière-plan large S ARN ribosomique ARNr polymérase réaction en chaîne du gène PCR est utilisé pour la détection et l’identification des agents pathogènes bactériens dans les échantillons cliniques de patients avec une forte suspicion d’infection Cependant, des études prospectives portant sur l’impact et la valeur clinique de large ARNr bactérien Méthodes Nous avons d’abord évalué les performances diagnostiques du gène S ARNr par rapport à la culture bactérienne de routine. Deuxièmement, nous avons examiné de manière prospective l’impact et la valeur clinique de la PCR à large spectre pour le diagnostic des infections aiguës. infections en utilisant des échantillons qui ont été testés négatifs par culture bactérienne de routine; les résultats des patients correspondants ont été évalués par des revues détaillées des dossiers médicauxRésultats Les résultats des échantillons ont montré une concordance élevée de% pour la PCR du gène ARNr S et la culture bactérienne de routine, indiquant que la performance diagnostique de la PCR pour les infections bactériennes aiguës est comparable à celle des bactéries. Dans cette étude prospective, des échantillons avec un résultat négatif sur la culture bactérienne de routine ont été analysés par PCR, et les données cliniques des patients ont été examinées. Nous avons trouvé que la PCR du gène S rRNA à large spectre présentait une sensibilité, une spécificité, valeur prédictive positive et valeur prédictive négative de%,%,% et% pour les infections bactériennes à culture négativeConclusions Cette étude définit le rôle de la PCR du gène S rRNA pour le diagnostic des infections bactériennes à culture négative. Nos données montrent que la PCR du gène S rRNA est particulièrement utile pour l’identification des bactéries pathogènes chez les patients prétraités avec des antibiotiques

Les infections bactériennes demeurent une cause majeure de décès et représentent un fardeau financier énorme pour le système de santé Le bilan microbiologique traditionnel des échantillons cliniques repose sur la coloration de Gram, les cultures sur divers milieux et les schémas d’identification phénotypiques. Des techniques de génétique moléculaire ont été mises en œuvre pour l’identification précise des agents pathogènes en microbiologie diagnostique. S-ribosomal S ARN ribosomal amplification en chaîne par polymérase L’ARN est utilisé pour détecter et identifier les bactéries pathogènes dans les échantillons cliniques Tableau supplémentaire; en ligne seulement, surtout dans les cas où une infection bactérienne est suspectée mais les cultures restent négatives La PCR à large spectre est particulièrement adaptée aux bactéries difficiles à cultiver telles que Mycobacterium genavense , Tropheryma whipplei , Ehrlichia chaffeensis [ ] et Coxiella burnetii Malgré la large mise en œuvre de la PCR du gène ARNr S , peu d’études factuelles examinent systématiquement son impact diagnostique chez les patients non sélectionnés, c’est-à-dire chez les patients suspectés de En outre, peu d’informations sont disponibles sur la manière de mettre efficacement en œuvre la PCR du gène S rRNA dans un flux de travail diagnostique. Nous avons réalisé une étude prospective en laboratoire pour comparer les performances diagnostiques de la PCR avec une culture bactérienne et une étude clinique prospective. évaluer l’impact de la PCR à large spectre dans le diagnostic d’une infection aiguë En particulier, nous avons étudié un algorithme bas sur une PCR du gène S rARN à large spectre pour des échantillons négatifs pour la culture provenant de patients atteints d’une maladie infectieuse présumée

Méthodes

Cette étude a été approuvée par le comité d’éthique du canton de Zurich en Suisse et a été réalisée selon de bonnes pratiques cliniques. Le plan d’étude était composé d’une étude de laboratoire et d’une étude clinique. Parallèlement à la culture microbiologique conventionnelle réalisée à l’Institut de microbiologie clinique et d’immunologie de St Gallen, en Suisse et à large spectre S ARNr gène PCR réalisée à l’Institut de microbiologie médicale de Zurich, pour comparer les performances diagnostiques de PCR versus culture Dans l’étude clinique Dans cet algorithme, des échantillons provenant de sites de stérilité primaire soumis au laboratoire de microbiologie ont été soumis à une PCR à large spectre si les cultures incluant des cultures enrichies restaient négatives après des heures d’incubation. analyses ont été effectuées à l’Institut de microbiologie médicale à Zurich T L’étude clinique est basée sur une conception prospective en relation avec le bilan microbiologique des spécimens négatifs pour la culture par PCR du gène S rRNA; les antécédents médicaux des patients ont été revus rétrospectivement

Spécimens cliniques

Des échantillons de patients ont été prélevés dans des hôpitaux de soins tertiaires, le KSSG de Kantonsspital St Gallen et l’hôpital universitaire de Zurich USZ KSSG est un hôpital à lit dans l’est de la Suisse; les échantillons de KSSG ont été utilisés pour l’étude de laboratoire USZ est un centre académique; les échantillons de USZ ont été utilisés pour l’étude clinique

Examen du dossier médical

Les données cliniques des patients inclus dans l’étude clinique ont été obtenues par examen des dossiers médicaux et analysées pour déterminer la probabilité d’infection. Un panel de consultants seniors en maladies infectieuses SKR et RFS et des microbiologistes expérimentés GVB, PMK, ECB ont examiné chaque cas en profondeur et l’ont catégorisé comme étant définie, probable, improbable ou inexistante Critères inclus les signes et symptômes cliniques, paramètres chimiques, p. ex. numération leucocytaire, protéine C réactive, procalcitonine, résultats microbiologiques, p. ex. sérologie, résultats de culture antérieurs, résultats radiologiques, traitement antibiotique antérieur et données cliniques. diagnostic En dernière analyse, nous avons ajouté les patients avec «infection probable» à la catégorie «infection définie», et nous avons exclu les patients présentant une «infection improbable» de l’étude afin de minimiser les fausses interprétations. examen des dossiers médicaux a été fait à l’insu des résultats PCR du gène S ARNt Lorsque les données ne sont pas claires, un Toutes les données disponibles, y compris les résultats de l’analyse microbiologique, ont été considérées. Nous avons défini tous les patients ayant reçu des antibiotiques, y compris l’antibioprophylaxie périopératoire, quelques jours avant l’échantillonnage. Cette définition ne tenait pas compte du fait que le microorganisme identifié était sensible à l’antibiotique. prescrit

Analyses microbiologiques

Microscopie

Les colorations de Gram des échantillons cliniques ont été préparées selon des procédures standard. La numération bactérienne moyenne a été déterminée à partir de champs visuels de 10 fois. -; & gt; les bactéries par champ visuel et le nombre moyen de leucocytes à partir de champs multipliés par dix; -; & gt; leucocytes par champ

Des cultures

En bref, des échantillons solides et tissulaires ont été placés dans une solution stérile de chlorure de sodium après extraction, émincés à la réception au laboratoire à l’aide d’un homogénéisateur de tissu Ultra-Turrax IKA, inoculés pour la culture et incubés sous aérobie. Conditions anaérobies Une boîte à gants anaérobie DW Scientific avec des milieux anaérobies préréduits a été utilisée pour des conditions de culture anaérobies Milieux aérobies: gélose au sang Columbia, gélose MacConkey, gélose au sang CNA à l’acide de colistine nalidixine et gélose Crowe Médicaments anaérobies inclus Agar Brucella, kanamycine-vancomycine agar et bouillon de thioglycolate a été utilisé pour des cultures d’enrichissement. Les plaques d’agar ont été examinées pour la croissance après, et heures. La turbidité optique du milieu d’enrichissement liquide a été contrôlée après, et et jours d’incubation. visibles après les jours d’incubation Pour l’étude en laboratoire, cette période a été prolongée Des échantillons liquides ont été inoculés dans des flacons aérobies et anaérobies BacT / Alert Blood Culture BioMérieux pour des cultures d’enrichissement et incubés dans un système BacT / Alert pendant des jours diabète sucré. Des flacons avec un signal de croissance positif ont été repiqués à l’aide des milieux décrits ci-dessus.

Extraction de l’ADN et réaction en chaîne de la polymérase

L’ADN chromosomique d’Escherichia coli a été utilisé comme témoin positif. En tant que tampons de contrôle négatifs, les réactifs PCR et les solutions de colonne d’élution ont été testés en routine pour la contamination par l’ADN bactérien. identique à la contamination de l’ADN bactérien dans les témoins négatifs & lt;% des échantillons, cet échantillon a été considéré comme PCR négatif Les analyses d’homologie du gène S rRNA ont été effectuées en utilisant la base de données et le logiciel SmartGene IDNS SmartGene

Méthodes statistiques

Les méthodes statistiques utilisées sont décrites dans le texte ou dans la légende de la figure associée à l’ensemble de données analysées. Les calculs statistiques ont été effectués à l’aide du logiciel GraphPad Prism, version GraphPad Software

RÉSULTATS

Sensibilité et spécificité de la réaction en chaîne de la polymérase de la S-ARN-polymérase à large spectre par rapport à l’étude en laboratoire sur la culture conventionnelle

Pour déterminer le nombre minimal de copies chromosomiques bactériennes, des dilutions en série de l’ADN Gram-positif de E. coli Gram négatif et de Staphylococcus aureus ont été soumises à une amplification du gène de l’ARNr S de large gamme. La période d’étude était de juillet à décembre et comprenait des échantillons provenant des sites primaires stériles d’une population de patients non sélectionnés. Dans cette étude de laboratoire, des données cliniques ont été utilisées pour déterminer le gène S du gène RARN. non pris en compte Il y avait une grande concordance de culture et de PCR dans% d’analyses. Des résultats discordants ont été observés dans les cas avec% de résultats positifs pour la culture, positifs pour la PCR et% positifs pour la culture, négatifs pour la PCR. échantillons négatifs pour la culture, positifs pour la PCR Tableau inclus Staphylococcus spp n =, Streptococcus spp n =, Ralstonia spp n =, Acinetobacter spp n =, Burkholderia sp n =, E coli n =, Citrobacter freundii n =, Haemophilus influenzae n =, Porphyromonas asaccharolyticus n =, et Peptinophilus sp n = Ralstonia spp n =, Acinetobacter spp n =, et Burkholderia spp n = ont été considérés comme des contaminants de laboratoire ou de prélèvement d’échantillons de résultats positifs à la PCR Les isolats identifiés dans les spécimens positifs pour la culture, PCR négatif Tableau inclus Propionibacterium acnes n =, staphylocoques coagulase négative n =, S aureus n =, et Staphylococcus lugdunensis n = Quinze des échantillons positifs pour la culture, négatifs à la PCR, ne présentaient qu’un très faible nombre de bactéries, comme le montre l’observation selon laquelle ces échantillons présentaient une croissance bactérienne seulement après plusieurs jours d’incubation dans un milieu de culture liquide enrichi.

Tableau PCR à large spectre du gène de l’ARNr par rapport à la culture de culture conventionnelle – PCR%% -%% Culture – PCR%% -%% Pour l’identification bactérienne, voir les abréviations du tableau: PCR, amplification en chaîne par polymérase ; -, négatif; , positiveView Large

Tableau Récapitulatif des pathogènes identifiés par séquençage et / ou culture du gène S rARN à large spectre dans l’étude de laboratoire Espèces dans des échantillons positifs pour la culture, positifs à la PCR Pas d’espèces dans les cultures négatives, PCR positivesa Non Espèce dans culture positive, PCR -négatif specimensb no Cupriavidus metallidurans Acinetobacter johnsonii Propionibacterium acnes c Enterobacter cloacae Acinetobacter de Staphylococcus lugdunensis Enterobacter de Burkholderia de Staphylococcus aureus Enterobacteriaceae Citrobacter freundii Staphylococcus capitis Enterococcus faecalis Enterobacteriaceae Staphylococcus epidermidis Enterococcus faecium Haemophilus influenzae Staphylococcus de Morganella morganii Peptoniphilus de Paenibacillaceae Porphyromonas asaccharolyticus Proteus Ralstonia solanacearum insidiosa Proteus vulgaris Ralstonia pickettii S aureus S aureus S épidermidis S epidermidis Streptoc occus agalactiae Staphylococcus sp Streptococcus dysgalactiae S agalactiae Streptococcus sp Streptococcus infantis Streptococcus sp Total Total Espèces dans des échantillons positifs pour la culture, positifs à la PCR Non Espèces dans des cultures négatives, spécimens PCR positifsa Non Espèces dans des cultures positives, spécimens PCR négatifsb Non Cupriavidus metallidurans Acinetobacter johnsonii Propionibacterium acnes c Enterobacter cloacae Acinetobacter sp Staphylococcus lugdunensis Enterobacter de Burkholderia de Staphylococcus aureus Enterobacteriaceae Citrobacter freundii Staphylococcus capitis Enterococcus faecalis Enterobacteriaceae Staphylococcus epidermidis Enterococcus faecium Haemophilus influenzae Staphylococcus de Morganella morganii Peptoniphilus de Paenibacillaceae Porphyromonas asaccharolyticus Proteus Ralstonia insidiosa Proteus vulgaris Ralstonia pickettii S aureus S aureus S epidermidis S epidermidis Streptococcus agalactiae Staphylococcus sp Streptococcus dysgalactiae S agalactiae Streptococcus sp Streptococcus infantis Streptococcus sp Total Total Abréviation totale: PCR, réaction en chaîne de la polyméraseaRalstonia spp, Acinetobacter spp, et Burkholderia spp ont été considérées comme contaminations de laboratoire ou de prélèvement d’échantillons de PCR- résultats positifs: quinze échantillons de spécimens ont été positifs par culture seulement après incubation prolongée & gt; heures de surveillance jusqu’à jours dans un milieu de bouillon enrichi; des spécimens étaient positifs par culture avec une seule unité formant une colonie; des échantillons ont été positifs par culture dans les heures d’incubation pour ces échantillons, l’isolat correspondant a été identifié par PCR dans un second spécimen du patient. Les cultures ont été positives après & gt; jours d’incubationVoir Grand

Réaction en chaîne de la polymérase G de l’ARNr à large spectre pour le diagnostic des infections dans des échantillons négatifs pour la culture Étude clinique

Dans l’étude clinique, nous avons inclus de manière prospective tous les échantillons de patients reçus de juillet à décembre n =; Figure sur laquelle les cultures bactériennes sont restées négatives après plusieurs jours d’incubation La probabilité d’infection a été jugée rétrospectivement sur la base de données cliniques et de laboratoire. Les données ont été obtenues par revue médicale détaillée des patients. L’incorporation des différents paramètres a permis une catégorisation définitive de l’infection. ou pas d’infection

Figure Vue largeTélécharger la diapositiveInscription des échantillons dans l’étude clinique aCulture négative pendant des jours bUSZ, Hôpital universitaire de Zurich PCR, réaction en chaîne par polyméraseFigure Voir grandTélécharger la diapositiveInscription d’échantillons dans l’étude clinique aCulture négative pendant jours bUSZ, Hôpital universitaire Zürich PCR, réaction en chaîne par polymérase Trente-deux échantillons ont été exclues en raison d’une documentation patient indisponible ou insuffisante ou parce que les cultures sont devenues positives après une incubation prolongée. Figure 5: échantillons négatifs pour la culture, positifs à la PCR et négatifs pour la culture, négatifs à la PCR les échantillons ont été inclus dans l’analyse: aspirats et biopsies n =, liquides céphalorachidiens n =, tissus n =, valvules cardiaques n =, écouvillonnages n =, matériaux abcès n = et ascites n = Vingt-quatre des échantillons étaient positifs à la PCR et inclus les espèces suivantes: Streptococcus spp n =, S aureus n =, Ureaplasma urealyticum n =, Staphylococcus epidermidis n =, C burnetii n =, Porphyromonas endodontalis n =, Fusobacterium nucleatum n =, espèces de la famille Enterobacteriaceae n =, Enterococcus faecalis n =, et Parvimonas micra n = Tableau Tous les échantillons PCR-positifs ont été des patients classés comme ayant une infection définie Parmi les échantillons, étaient négatifs par PCR à large spectre, y compris les patients avec une infection définie et les patients considérés comme non infectés sur la base des examens détaillés des dossiers médicaux l’infection bactérienne pour les échantillons négatifs pour la culture était%, la spécificité était%, la valeur prédictive positive PPV était%, et la valeur prédictive négative NPV était% Table supplémentaire; En ligne seulement

Cerveau abcès Cocci à Gram positif Streptococcus intermedius / Valve aortique Cocci à Gram positif Streptococcus sp Groupe Streptococcusmitis / Epanchement pleural nd P endodontalis / Ecouvillon sternal Sd S épidermidis / Aspirat genou n Enterobacteriacea / Tissu et S aureus / Tissu et S aureus / Abcès psoas muscle sd Coxiella burnetii / anévrysme tissulaire cd burnetii / valve aortique nd Streptococcus sp groupe mitis / valve mitrale sd mitis / écouvillon sternal nd Ureaplasma urealyticum / écouvillon sternal n U urealyticum / écouvillon sternal n ur urealyticum / spécimen clinique Bactéries observés par microscopie,, a Leucocytes observés par microscopie,, b Espèces bactériennes identifiées par le gène S ARNr PCR Jours après la fin de l’antibiothérapie / jours subissant un traitement antibiotiquec Valve aortique et Streptococcus mutans / Valvule mitrale nd Enterococcus faecalis / D écouvillon de plaie ee cocci à Gram positif Parvimonas micra / liquide céphalo-rachidien cocci à Gram positif Staphylococcus aureus / écouvillon sternal nc Staphylococcus epidermidis / liquide céphalo-rachidien n S epidermidis / valve mitrale sd Seusus / abcès au bras et à Fusobacterium nucleatum porphyromonas endodontalis / abcès P endodontale / Aspirat de l’épaule et Streptococcus dysgalactiae / Cerveau abcès Cocci Gram positif Streptococcus intermedius / Valve aortique Cocci Gram positif Streptococcus sp Groupe Streptococcusmite / Epanchement pleural nd P endodontalis / Ecouvillon sternal Sd epidermidis / Aspirate genou et Enterobacteriacea / Tissu nd S aureus / Tissu et S aureus / Abcès muscle psoas nd Coxiella burnetii / anévrysme tissulaire et C burnetii / valve aortique nd Streptococcus sp groupe mitis / valve mitrale nd mitis / Ster Écouvillon nal enroulé nd Ureaplasma urealyticum / Ecouvillon sternal nd U urealyticum / Ecouvillon sternal n U urealyticum / Abréviations: nd, non détecté; PCR, amplification en chaîne par polymérase; pos, positif; ARNr, nombre de cellules ARN ribosomiques dans des champs visuels de 10 fois:, & lt ;; , -; , &numsp &numsp &numsp &numsp &numsp &numsp b Nombre de leucocytes en champs multipliés par dix: -,; , -; , & gt; c / indique que l’échantillon a été obtenu alors que le patient était sous antibiothérapie et avait reçu un traitement antibiotique ces derniers jours; / indique que l’échantillon a été récupéré quelques jours après un traitement antibiotique de plusieurs jours; / indique que l’échantillon a été récupéré au début de l’antibiothérapie. Ce cas a été récemment publié en détail View Large Soixante-dix-neuf échantillons ont été obtenus chez des patients préalablement traités avec des antibiotiques ou soumis à un traitement antibiotique. Il convient de noter que tous les échantillons avec des résultats positifs pour la culture, négatifs à la PCR ont été obtenus à partir de ce groupe de patients Trente et un échantillons de patients traités par antibiotique avec des résultats négatifs à la culture négatifs à la PCR ont été catégorisés la PCR du gène de l’ARNr à large spectre pour diagnostiquer correctement une infection bactérienne pour des échantillons négatifs pour la culture de patients subissant ou ayant déjà subi un traitement antibiotique était%, la spécificité était%, la VPP était% et la VAN était% Table Supplémentaire; en ligne seulement Il y avait un seul patient avec une infection cliniquement bien définie qui était naïf d’antibiotique et dont la culture de l’échantillon était le gène S de l’ARNr PCR négatif Tableau supplémentaire; En ligne seulement Ce cas a finalement été identifié comme Mycobacterium chelonae par PCR spécifique au genre Mycobacterium Tous les autres échantillons provenant d’échantillons de patients sans antibiotiques provenaient de cas classés comme sans infection. Cinq échantillons positifs pour la culture, négatifs à la PCR. endocardite infectieuse IE après des échantillons de traitement antibiotique,,,, et; Tableau Il y avait un accord complet entre les résultats de culture des échantillons obtenus avant le traitement antibiotique et les résultats de PCR obtenus lorsque la valve cardiaque a été remplacée pendant le traitement antibiotique Deux des échantillons avec des résultats négatifs à la culture PCR positifs provenaient de patients ayant une prophylaxie périopératoire à la temps où l’échantillon a été récupéré des échantillons et; Tableau Les autres échantillons positifs pour la culture, positifs à la PCR, ont été prélevés chez des patients traités avec des antibiotiques pendant diverses périodes. Pour évaluer l’impact possible de la durée de l’antibiothérapie sur la détection de pathogènes par PCR, une comparaison a été faite. positif n = et PCR négatif n = échantillons provenant de patients atteints d’infections aiguës traitées avec des antibiotiques pendant diverses périodes Pour simplifier, nous avons classé les échantillons cliniques en groupes obtenus dans le premier n =, n =, n =, n =, n = , et n = jours après le début du traitement antibiotique Des nombres similaires de résultats de PCR positifs et négatifs ont été observés dans tous les groupes de spécimens, indiquant que la positivité PCR est indépendante de la durée du traitement antibiotique au moins jusqu’à quelques jours

DISCUSSION

Dans le cadre de cette étude, nous avons évalué le pouvoir diagnostique de la PCR à large spectre dans le diagnostic d’infections bactériennes aiguës pour lesquelles les cultures conventionnelles étaient négatives et la probabilité d’infection évaluée. Notamment, la majorité des échantillons soumis à analyse microbiologique étaient Ce nombre élevé de patients sans infection reflète la difficulté de diagnostiquer avec précision l’infection au chevet du patient, soulignant la nécessité d’une approche interdisciplinaire vers un diagnostic précis dans lequel la présentation clinique, la les résultats de laboratoire, et l’imagerie contribuent tous à atteindre le diagnostic finalL’importance de la PCR du gène ARNr S est démontrée dans la partie clinique de l’étude, où un pathogène a été identifié en% des spécimens négatifs pour la culture de patients présentant des signes évidents d’infection comme indiqué par examen détaillé des dossiers médicaux Un nombre élevé de spécimens avec des résultats négatifs à la culture négatifs à la PCR reflète la prévalence des patients présentant des processus inflammatoires stériles, par exemple, leucocytes élevés dans les arthropathies rhumatoïdes. La VPP du gène S ARNr était de%, ce qui indique Nous sommes conscients qu’une spécificité et une VPP de% de la PCR à large spectre dans l’étude clinique doivent être considérées avec prudence, car les résultats positifs de la PCR dans l’étude de laboratoire sont supposés être dus à des contaminants environnementaux. restrictions inhérentes à un plan d’étude clinique, c’est-à-dire la nécessité d’exclure les patients pour lesquels aucun diagnostic définitif n’a pu être établi, nous avons dû éliminer des échantillons PCR-positifs et négatifs à la PCR de l’étude clinique. la catégorie d’infection, la spécificité, la VPP et la VAN de la PCR à large spectre sont respectivement%,% et%. Une sous-analyse a révélé que la VAN était de% pour les patients qui avaient Dans l’étude clinique, la PCR du gène S rRNA était positive exclusivement chez les patients qui avaient déjà subi un traitement antibiotique. Cette découverte, associée à la sensibilité analytique similaire de la culture et de la PCR telle que trouvée dans l’étude de laboratoire, suggère La PCR et la culture bactérienne en parallèle chez les patients naïfs d’antibiotiques ne permettent pas de diagnostiquer efficacement les infections La grande majorité des prescriptions d’antibiotiques sont en ambulatoire , et un nombre important de patients souffrant d’infections bactériennes auront reçu des antibiotiques Avant l’hospitalisation Ce groupe de patients pose souvent un dilemme diagnostique, car les cultures du pathogène infectieux restent souvent négatives. Pour ce groupe de patients, la PCR SARR à large spectre est particulièrement utile et peut ajouter des diagnostics clés pour améliorer la prise en charge des patients. une influence possible de la longueur de prescriptio antibiotique n sur la détection des pathogènes par la PCR du gène S rRNA, car nous supposions que la positivité de la PCR diminuera avec la durée de l’antibiothérapie précédant la récupération des échantillons cliniques. Cependant, le ratio PCR positif et PCR négatif était indépendant de la longueur des antécédents traitement antibiotique tel qu’analysé pendant une période maximale de jours La majorité des agents pathogènes identifiés dans le groupe PCR négatif positif à la culture de l’étude clinique étaient des agents pathogènes courants, qui poussent habituellement sans exigences particulières. Il y avait des exceptions dans cette partie de l’étude. C burnetii récupéré deux fois, qui pousse exclusivement en culture cellulaire ou doit être inoculé dans des animaux de laboratoire , et U urealyticum récupéré fois, ce qui nécessite une culture sur milieu sélectif pour Mycoplasmataceae rétrospective inoculation du milieu sélectif démontré la présence de U urealyticum dans tous les échantillons Il va sans dire que les pathogènes communs étaient plus fréquents dans l’étude clinique, le nombre d’infections par des pathogènes difficiles à cultiver étant faible par rapport aux agents pathogènes courants, voir également le tableau; En ligne seulement D’un point de vue clinique, cependant, il est tout aussi important de reconnaître les infections avec des agents pathogènes inhabituels de manière fiable que celles dues aux agents pathogènes communs. En résumé, cette étude montre qu’il existe une concordance élevée entre les gènes PCR. Sur la base de nos données, nous proposons que la PCR à large spectre des échantillons provenant des sites du corps stérile primaire soit faite pour les patients avec une forte suspicion clinique Les suspicions d’infection par des pathogènes difficiles à cultiver justifient une PCR à large spectre, en particulier lorsqu’un test moléculaire spécifique à une espèce n’est pas disponible. La mise en œuvre d’un algorithme excluant les échantillons positifs pour la culture est à la fois réalisable sur le plan diagnostique et économique

Remarques

Remerciements

Nous remercions le Dr Burkhard Springer et le Dr Stefan Emler pour la lecture critique du manuscrit. Nous remercions l’équipe de techniciens MM pour son soutien technique.

Aide financière

Cette étude a été soutenue par l’Université de Zurich

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent comme pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

Paternité

S K R et G V B ont généré et analysé les données et rédigé le document; P M K, R F S et E C B ont participé à l’analyse des données; A C B a rassemblé les données cliniques; G D a fourni des données microbiologiques; R F S et E C B ont édité le papier; et E C B était responsable du concept global, de la conception et de la conduite de l’étude