Taux élevé de résultats faussement négatifs de la méthode de culture par écouvillonnage rectal dans la détection de la colonisation gastro-intestinale avec des entérocoques résistants à la vancomycine

La précision diagnostique de la méthode de culture RS par écouvillonnage rectal pour identifier la colonisation gastro-intestinale avec des entérocoques résistants à la vancomycine ERV est inconnue hémostase. Des cultures sériques quantitatives de selles, des cultures cutanées et des cultures RS ont été réalisées chez des patients atteints d’ERV pour évaluer le taux de faux négatifs. RS et la prévalence de la colonisation cutanée, condition préalable à la transmission croisée, à différentes densités de selles ERV Un total d’échantillons de selles a été obtenu chez des patients La sensibilité de la culture RS était de%; elle variait de%, aux densités d’ERV de ⩾ log colonies formant des unités cfu par gramme de selles, à%, à des densités de ⩽ log cfu par gramme de selles. La colonisation cutanée a été détectée à ces faibles densités de selles ERV, mais elle était plus fréquente à densités d’ERV plus élevées P & lt; L’exposition aux antibiotiques était significativement associée à des densités de selles plus élevées dans les ERV P & lt; Le taux élevé de faux-négatifs de la RS peut contribuer à l’augmentation continue de la prévalence des ERV

La prévalence de la colonisation et de l’infection par les entérocoques résistants à la vancomycine continue d’augmenter partout dans le monde Pour prévenir et contrôler la dissémination des ERV dans les établissements de santé, plusieurs mesures de contrôle des infections ont été recommandées: isolement des patients, cohorte des patients et port de gants et de blouses pendant le contact avec le patient Ces précautions contre les ERV visent à prévenir la transmission d’ERV d’un patient à l’autre par les travailleurs de la santé en contact avec la peau contaminée ou les surfaces inanimées des patients colonisés Les décisions concernant la mise en place ou le retrait des patients de ces précautions sont souvent prises sur la base des résultats de la méthode de culture RS rectale par écouvillonnage, utilisée pour détecter la présence ou l’éradication présumée de la colonisation gastro-intestinale . son rôle majeur dans la dictée des précautions de contrôle des infections, la sensibilité de la méthode de culture RS n’est pas connue Une faible densité de VRE dans les selles peut ne pas être détectée par la culture RS, mais elle peut encore entraîner une contamination de la peau, condition préalable à la dissémination des ERV. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer la sensibilité de la culture RS pour la détection de la colonisation du tractus gastro-intestinal par ERV à différentes densités de selles ERV, afin d’analyser l’association entre la densité des selles des ERV. colonisation de la peau et pour étudier l’effet de l’exposition aux antibiotiques, facteur de risque de colonisation par les ERV , sur la densité des selles des ERV

Méthodes

Après avoir obtenu le consentement éclairé, des données démographiques et cliniques ont été recueillies à partir des dossiers médicaux. Le score de Charlson, qui génère une valeur composite des conditions médicales préexistantes, a été utilisé comme mesure de la comorbidité Patients «état ambulatoire et présence de diarrhée» selles sèches ou aqueuses dans l’infection antérieure h ou ERV ont été documentées à chaque prélèvement. Les infections ont été classées selon les définitions des Centers for Disease Control and Prevention Données concernant les antibiotiques administrés dans les jours précédant la collecte de l’échantillon de selles à partir d’une base de données informatisée de pharmacie Antibiotiques avec une activité principalement contre les anaérobies métronidazole, imipénème, clindamycine, pipéracilline-tazobactam, ampicilline-sulbactam, céfotétan ont été regroupés.Le consentement éclairé a été obtenu et la recherche clinique les directives pour l’expérimentation sur les humains, telles que spécifiées par le US Department of Health and Human Services et l’Institutional Review Board de VUMCCollection des échantillons. Des échantillons de selles ont été prélevés hebdomadairement chez les patients jusqu’à leur sortie ou leur mort, puis réfrigérés à ° C. une partie des fèces a été suspendue en% glycérol et% saline, diluée à un volume final de mL et congelée à-° C. Des échantillons cutanés et RS ont été obtenus pour la culture en h des échantillons de selles avec des tampons de coton humidifiés avec une solution saline stérile. Pour repérer la colonisation cutanée avec ERV, des sites cutanés, fréquemment utilisés pour la ponction veineuse, ont été choisis: une zone × -cm au-dessus de la fosse antécubitale droite et une zone au-dessus du triangle antérieur droit du cou. Le même écouvillon Les échantillons de selles ont été décongelés à température ambiante. Des dilutions en série de jusqu’à – g / mL ont été effectuées avec du sérum physiologique. Cinquante microlitres de chaque diluant Les colonies ont été ensemencées sur milieu Enterococcosel Becton Dickson complété avec μg / mL de vancomycine et incubées à ° C pendant h. Des colonies ont été utilisées pour les comptages bactériens. Dix colonies représentatives de ces plaques ont été repiquées sur gélose au sang de mouton. de la collection, la peau et les RS ont été immergés ou striés sur le bouillon Enterococcosel ou l’agar, respectivement; supplémenté avec μg / mL de vancomycine; et incubé à ° C avec% de dioxyde de carbone Agar a été utilisé pour les cultures RS afin de simuler la pratique standard, et le bouillon a été utilisé pour les cultures cutanées afin d’augmenter le rendement de VRE. Des colonies représentatives produisant une décoloration noire sur gélose Enterococcosel ont été repiquées sur gélose au sang de mouton. Identification des entérocoques et typage moléculaire Les entérocoques ont été identifiés par des méthodes standard La spéciation des isolats d’Enterococcus faecium et d’Enterococcus faecalis a été réalisée à l’aide de l’API -Rapid Strep Strips bioMérieux Vitex La sensibilité à la vancomycine a été évaluée par la méthode E-test AB Biodisk en utilisant les recommandations du Comité National des Normes Cliniques de Laboratoire et les instructions du fabricant Les isolats récupérés des échantillons de selles et de peau ont été typés par électrophorèse sur gel de champ PFGE, comme décrit ailleurs Les patrons PFGE ont été comparés L’analyse de la densité ERV a été convertie en logarithme de base. Les associations entre la concentration de selles ERV avec colonisation cutanée, résultats positifs de culture RS et d’exposition aux antibiotiques et les facteurs de risque de colonisation cutanée ont été analysés par analyse de mesures répétées, car l’indépendance entre les échantillons n’a pas pu être prise en compte. Des coefficients générés par régression logistique ont été utilisés pour modéliser la probabilité de détecter VRE avec une culture RS en fonction de la densité des selles VRE Un test de Hosmer et Lemeshow de & gt; a été considéré comme favorable à l’ajustement du modèle Pour déterminer la sensibilité de la culture RS dans la détection des ERV dans les selles à des densités variables, la concentration des selles ERV a été regroupée en catégories; log cfu par gramme de selles ci-après cfu / g selles, log de cfu / g, selles de cfu / g, log de cfu / g, selles cfu / g et log de cfu / g Un «résultat vrai-positif» a été défini comme isolement de VRE à partir d’une culture RS La sensibilité de ce test a été calculée en divisant les résultats vrais-positifs par des résultats vrai-positif et faussement négatif au-dessus et en dessous de chaque catégorie de densité ERV. La spécificité et les valeurs prédictives n’ont pas été calculées, car tous les patients avaient une colonisation ou une infection à ERV documentée, ce qui excluait les résultats faux positifs des cultures RS Stata, version Stata Statistical Software, a été utilisé pour toutes les analyses statistiques. sont présentés comme ± SD

Résultats

Caractéristiques des patients et échantillons de selles Un total de patients avec colonisation ou infection à ERV ont été identifiés au cours de la période d’étude de quatre mois. Quatre patients ayant refusé de participer à l’étude et patients ayant subi une colostomie ou ayant des poches rectales ont été exclus. présenté dans le tableau A total des échantillons de selles ont été obtenus à partir de ces patients Une moyenne des échantillons de selles varie, – ont été obtenus par patient La densité moyenne ± SD pour le nombre d’organismes de VRE était ± log cfu / g selles, – log cfu / Seules les selles de la vancomycine résistantes à la vancomycine ont été identifiées dans les selles, la peau et les échantillons rectaux

Tableau View largeTélécharger Données démographiques et cliniques pour les patients infectés par Enterococcus faecium ERV résistant à la vancomycine au moment de l’inscription à l’étudeTableau View largeTélécharger Données démographiques et cliniques pour les patients infectés par Enterococcus faecium ERV résistant à la vancomycine lors de l’inclusion à l’étudeCorrélation entre la concentration fécale en ERV et la détection ERV avec une culture RS Un total de séries de spécimens de selles et RS ont été obtenus à partir des patients médians; – Une RS positive n’a pas été obtenue à partir des échantillons de selles correspondants en raison de l’instabilité hémodynamique des patients, ce qui excluait tout mouvement, ou décharge ou mort pendant la période h après la collecte des selles. tabouret; un résultat de culture RS négatif était associé à une concentration moyenne de ± log cfu / g de selles P =; figure La probabilité que la culture RS détecte les ERV dans le tractus gastro-intestinal a augmenté de façon marquée à une densité d’ERV de & gt; log cfu / g, comme montré dans la figure Hosmer et Lemeshow test d’adéquation, P =

Figure Vue largeDownload slideFindings concernant la détection de la colonisation des selles avec Enterococcus faecium ERV résistant à la vancomycine par la méthode de culture rectale par écouvillonnage RS et la présence de colonisation cutanée avec ERV à différentes densités de selles ERV Peau, culture cutanéeFigure View largeDownload slideFindings concernant la détection de colonisation des selles avec Enterococcus faecium ERV résistant à la vancomycine au moyen de la méthode de culture rectale par écouvillonnage RS et de la présence d’une colonisation cutanée avec ERV à différentes densités de selles ERV Peau, culture cutanée

Figure Vue largeDownload slideRelationship entre la probabilité de détection d’Enterococcus faecium ERV résistant à la vancomycine à l’aide de la méthode de culture rectale sur écouvillon et la densité des selles ERV Test d’ajustement de Hosmer et Lemeshow, P = Figure Voir la grande diapositiveDownloadRelationship entre la probabilité de détection de vancomycine Enterococcus faecium ERV au moyen de la méthode de culture rectale et de la densité de selles VRE Hosmer et Lemeshow test d’adéquation, P = La méthode de culture RS n’a pas identifié ERV en% des échantillons de selles La sensibilité globale de la culture RS était% % CI, -; il variait de% à des densités de ⩽ log cfu / g de selles à% à des densités d’ERV de ⩾ log cfu / g de selles; tables et

Tableau View largeTélécharger la lameSensibilité de la méthode de culture rectale sur écouvillon pour la détection d’Enterococcus faecium VRE résistant à la vancomycine à des densités de selles décroissantesTable View largeDownload slideSensibilité de la méthode de culture rectale sur écouvillon pour la détection d’Enterococcus faecium VRE résistant à la vancomycine à des densités de selles décroissantes

Tableau View largeTélécharger Diapositive Sensibilité de la méthode de culture rectale sur écouvillon pour la détection d’Enterococcus faecium VRE résistant à la vancomycine à des densités croissantes de sellesTable View largeTélécharger la lameSensibilité de la méthode de culture rectale sur écouvillon pour la détection d’Enterococcus faecium VRE résistant à la vancomycine à des densités croissantes de selles Concentration et colonisation cutanée Un total de séries de spécimens de selles et de peau ont été obtenus chez des patients pour la médiane de la culture; – Des échantillons cutanés correspondants n’ont pas été obtenus pour la culture en h de la collecte des échantillons de selles, soit en raison de la sortie du patient, soit parce que le patient subissait une intervention pendant la majeure partie de la journée. les cultures de selles La densité ERV dans les selles était significativement plus élevée chez les patients chez lesquels une colonisation cutanée avec ERV a été détectée ± log cfu / g de selles, par rapport aux patients chez qui la colonisation cutanée n’a pas été détectée ± log cfu / g selles; P & lt; ; Il n’y avait aucune différence significative entre la densité des selles des ERV et les facteurs associés à un risque accru de contamination de la peau, y compris la présence de diarrhée P =, incapacité de marcher P =, Score de Charlson de ⩾ P =, âge de ⩾ ans P =, et la présence d’un échantillon de plaie qui donnait VRE en culture P = PFGE Les profils de bandes d’ADN des souches ERV récupérées des échantillons de selles et des cultures de peau correspondantes étaient indiscernables

Figure View largeTaille de l’électrophorèse sur gel en champ pulsé Profils d’ADN des souches d’entérocoques d’Enterococcus faecium résistantes à la vancomycine récupérées dans les échantillons de selles et les cultures cutanées des patients Voie M, échelle de bactériophage λ R, ERV isolée à l’aide d’une méthode de culture sur écouvillon rectal; S, ERV isolé à partir de cultures de peauFigure View largeTélécharger diapositive Electrophorèse sur gel à champ pulsé Modèles de bandes d’ADN d’Enterococcus faecium résistant à la vancomycine VRE souches récupérées à partir d’échantillons de selles et de cultures cutanées des patients Lane M, bactériophage λ échelle R, ERV isolée par utilisation d’un rectum méthode de culture sur écouvillon; L’association entre l’exposition aux antibiotiques pendant la semaine précédant la collecte des échantillons et la densité des selles des ERV a été analysée pour les échantillons de selles prélevés sur les patients du tableau A des échantillons de selles% ont été exposés à des types d’antibiotiques ⩾ des antibiotiques testés sont les suivants: vancomycine pour les échantillons, aminoglycosides pour, imipénème pour, quinolones pour, pipéracilline-tazobactam pour, métronidazole pour, quinupristine-dalfopristine pour, rifampicine pour, chloramphénicol pour, minocycline pour, clindamycine pour, ampicilline-sulbactam pour, le céfotime pour, le céfépime pour, l’érythromycine pour, et le trimethoprim-sulfamethoxazole pour chaque régime antibiotique inclus vancomycin ou un agent antianaerobic

Tableau View largeTéléchargement de la densité de l’ERV Enterococcus faecium résistante à la vancomycine et de l’exposition aux antibiotiques pendant les jours précédant la collecte des échantillons de selles chez les patients hospitalisés qui avaient été infectés par des entérocoques résistants à la vancomycineTable View largeTaille de l’entérovirus d’Enterococcus faecium résistant à la vancomycine les jours précédant le prélèvement d’échantillons de selles chez des patients hospitalisés préalablement infectés par des entérocoques résistants à la vancomycine. Les échantillons exposés aux antibiotiques avaient une densité moyenne de selles significativement plus élevée ± log cfu / g que les échantillons sans exposition aux antibiotiques ± log cfu / g selles; P = Les antibiotiques individuels ou le groupe antianaérobique n’ont pas été analysés, car la majorité des échantillons ont été exposés à des combinaisons d’antibiotiques. Tableau Les antibiotiques ont été administrés pendant une durée moyenne de ± jours La durée de l’exposition aux antibiotiques des jours précédents était significativement associée à un ERV plus élevé densité des selles P ⩽ Lorsque la durée de l’exposition était dichotomisée à la moyenne, la densité des selles des ERV était de ± log cfu / g de selles, si des antibiotiques étaient reçus pour & lt; jours, et ± log cfu / g selles, si des antibiotiques ont été reçus pendant ⩾ jours P & lt;

Discussion

Chez ces patients, les précautions contre les ERV peuvent ne pas être appliquées ou peuvent être interrompues par erreur si l’éradication présumée est documentée par un résultat faussement négatif de RS. culture Bien que la dynamique de transmission des ERV soit complexe, le principal mécanisme de propagation d’un patient à l’autre est le personnel de santé dont les mains sont contaminées après contact avec des patients colonisés . La colonisation cutanée est donc une condition préalable à la transmission croisée. Dans cette étude, la colonisation cutanée a été détectée même chez les patients ayant une faible densité de selles ERV. Par exemple, parmi les échantillons de selles avec une densité de selles ERV de & lt; Dans cette gamme de densité d’ERV, la méthode de culture RS n’a pas détecté ERV en% des échantillons de selles. Ces résultats impliquent que la méthode de culture RS n’a pas réussi à identifier une proportion substantielle Le Comité consultatif sur les pratiques de contrôle des infections hospitalières recommande de placer les RS sur des milieux sélectifs contenant de la vancomycine . Dans cette étude, des milieux d’entérocoques supplémentés en μg / mL de vancomycine ont été utilisés pour isoler les patients présentant un risque de contrôle. Les méthodes d’enrichissement en bouillon VRE augmenteraient significativement la récupération des ERV, car elles peuvent détecter aussi peu que – cfu ou concentrations de & lt; cfu / g selles d’ERV dans les échantillons de selles Cependant, bien que la sensibilité de la culture RS augmenterait, le travail, le coût et, éventuellement, le nombre de résultats faussement positifs augmenteraient également Ces facteurs doivent être Ces résultats appuient la théorie de la «résistance à la colonisation», selon laquelle la flore gastro-intestinale indigène, en particulier les bactéries anaérobies, empêche les autres bactéries de coloniser le tube digestif. Par conséquent, en éradiquant la flore normale avec des antibiotiques, l’établissement et la prolifération des ERV sont facilités Donskey et al. ont démontré que l’exposition aux régimes antianaérobiques, par opposition à ceux ayant une activité antianaerobique minime, augmente la densité des selles. souligner l’importance du maintien d’une composante anaérobie normale de la flore gastro-intestinale pour prévenir la colonisation par les ERV Comme le montre cette étude, la présence de colonisation cutanée est directement liée à des niveaux plus élevés d’ERV fécaux. La contamination environnementale a également été associée à des densités de selles plus élevées, même en l’absence de diarrhée . La transmission croisée des ERV en diminuant la probabilité de colonisation cutanée et de contamination environnementale Cette étude présente plusieurs limites. Premièrement, le taux de colonisation cutanée peut avoir été sous-estimé, car seuls les sites ont été échantillonnés pour la culture. Il est peu probable que la densité fécale des ERV ait été altérée, car la récupération des ERV n’est pas affectée par la réfrigération. Troisièmement, des RS individuels ont été obtenus par échantillon de selles. Augmenter le nombre d’écouvillons obtenus à chaque collecte pourrait augmenter le rendement des ERV. de cette étude était de reproduire la pratique standard de la surveillance; par conséquent, seul RS a été obtenu. Les raisons de l’augmentation continue des taux d’ERV sont multifactorielles; elles incluent une mauvaise observance des précautions de contact, une exposition aux antibiotiques et un grand réservoir de patients avec une colonisation ERV non reconnue qui continuent à disséminer l’ERV à d’autres patients Les études de surveillance utilisant la méthode RS ont montré que Ce rapport peut être encore plus élevé, étant donné la faible sensibilité de la méthode de culture RS démontrée dans cette étude. Afin de limiter la propagation des ERV, les efforts de lutte contre les infections se sont concentrés sur limitation de l’utilisation d’antibiotiques Avec la documentation d’un taux élevé de résultats faussement négatifs associés à la méthode de culture RS, les efforts devront maintenant se concentrer sur la mise au point de tests plus sensibles mais néanmoins rentables pour détecter les ERV. ces tests, le grand réservoir de patients avec une colonisation ERV non reconnue pourrait être diminué et pourrait finalement réduire la Augmentation constante de la prévalence des ERV dans les hôpitaux Les études futures devront quantifier le risque de dissémination des ERV chez les patients ayant une faible densité de selles ERV et déterminer si leur contribution à la propagation des ERV justifie l’utilisation généralisée de techniques de dépistage plus sensibles, mais potentiellement potentielles. plus coûteux et à forte intensité de main-d’œuvre

Remerciements

Nous remercions Stephen Dummer, pour son examen attentif du manuscrit, et Haiging Li, pour avoir performé PFGE